Sezar'ın Mısır'a varışını tetikleyen olaylar, "Roma'da İç Savaş: Bizi Hangi Diktatör Yönetecek Pompeius mu Sezar mı?" yazımızda anlattığımız üzere rakibi Pompeius'un Pharsalus Muharebesi'ndeki yenilgisinden kaynaklanmıştı. Pompeius'nin kaçışı, düşmanlarından sığınak arayışı Mısır kıyılarına kadar uzanmıştı. Yenilgisinin ardından Pompeius, eşi Cornelia ile birlikte deniz kıyısına kadar uzanan bir kaçışa girişti. Parthlardan yardım almayı umarak doğuya yöneldiysede Crassus'un yakın zamandaki felaketle sonuçlanan seferine karşı Parthlar ile uğraşmanın riskleri ve özellikle güzel Cornelia'yı bu yabancı topraklardaki tehlikelere tehlikesininden ötürü bu rotadan vazgeçti. En sonunda müttefikleri ile beraber babalarının dostluğuna güvenerek Mısır'a Ptolemy XIII'ün yanına sığınmaya karar verdiler.
Pompeius'un Mısır'a sığınmayı düşündüğü bu dönemde kardeşiyle birlikte hüküm süren Kleopatra, Mısır'dan yeni kovulmuş ve Suriye'de bir ordu topluyordu. Kardeşi Ptolemy, Mısır'da, Kleopatra'nın istilasını bekliyordu ve ilginç bir şekilde rüzgar, Pompeius'u bu noktaya taşımıştı. Mısır'a ulaştığında kıyıda büyük bir ordu gören Pompeius, kralın burada olduğunu düşünerek, varlığını haber vermek ve babasının dostluğundan bahsetmek için elçiler gönderdi. Danışmanları genç krala, Pompeius'u tuzağa düşürüp onu öldürmeleri konusunda alçakça bir öneride bulundu. Bu öneri genç kral tarafından kabul gördü.
Kralın hizmetkarlarından bazıları denizin sığ olmasını bahane ederek kayıkla geldi; bunların arasında, o zamanlar kralın ordusunda görev yapan ve daha önce Pompeius'un emrinde hizmet etmiş olan Sempronius adında bir Romalı da vardı. Pompeius'u tekneyle kıyıya götürdüler ve ardından ailesinin gözü önünde kafasını kestiler. Pompeius'in bu acı dolu anını uzaktan gören eşi ve dostları çığlık attı, ellerini göğe kaldırarak, ihanet edilen sadakatin tanrılarına yalvardı. Ardından, düşman ülkesinden kaçarcasına hızla denize açıldılar.
Pompeius'un Mısır'a gittiğini öğrenen Sezar Rodos'a doğru yola çıktı. Orada beklemeyip, orduyu, ayrı ayrı gelen birlikleriyle beklemeksizin gemilerine binerek hareket etti. Nereye gitmeyi amaçladığını kimseye söylemeden akşam saatine doğru yelken açtı. Üç gün süren bir yolculuktan sonra Mısır'a vardı ve kralın muhafızları tarafından karşılandı. Başlangıçta güçlerinin küçüklüğü nedeniyle rahatlamış gibi davrandı, dostça ziyaretçileri kabul etti, şehri dolaştı, güzelliğini takdir etti ve halk arasında filozofların derslerini dinledi. Böylece İskenderiyelilere karşı hiçbir planı olmayan biri olarak onların iyi niyetini ve saygısını kazandı.
Ptolemaios'un hizmetkarları, Pompeius'un başını büyük bir ödül beklentisiyle Sezar'a teslim ettiler. Bu ölüm Sezar için iyi bir şey olabilirdi. Fakat eski damadının kellesi kendisine sunulan Sezar büyük bir öfke gösterdi. Askerilerinin Mısır'a ulaşmasıyla Pompeius'a komplo kuran Pothinus ve Achillas'ı ölümle cezalandırdı. Bunun üzerine İskenderiyeliler ayaklandı ve kralın ordusu Sezar'a karşı yürüdü ve sarayın çevresinde ve komşu kıyılarda çeşitli savaşlar meydana geldi. Bunlardan birinde Sezar, denize atlayarak ve derin suda uzun bir mesafe yüzerek kaçtı. İskenderiyeliler onun pelerinini ele geçirdi ve bir zafer nişanesi olarak astılar.
Her şeyi belirleyen son savaş Nil'in kıyısında Ptolemy XIII'e karşı gerçekleşti, bu savaşı kazanan Sezar bu mücadelede dokuz ay harcamıştı, sonunda kardeşi yerine Kleopatra'yı tahta geçirdi. Bir çok kişinin beklediğinden uzun bir süre burada oyalandı Nil nehrinde Kleopatra ile gezintiye çıktı ülkeyi keşfetti ve genellikle onunla keyifli zamanlar geçirdi.
